水族館開館初期由農委會水試所澎湖海洋生物研究中心管理，
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，2004年委外南仁湖集團經營，
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，但經營不善中途解約；2010年大東山集團接手營運，
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，但礙於專業養殖人才不足等因素，
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，只撐3年就退場。原本ROT開發營運案至2010年大東山集團突然撤守，
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，澎湖水族館全亂了套，
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，水試所澎湖海洋生物研究中心臨危受命接下爛攤子，
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，面臨沒錢、沒人、沒支援窘境，還要即刻展開搶救珍貴海洋生物大作戰。中心主任林金榮無奈表示，目前只能靠大東山集團違約的履約保證金1000萬元及緊急調度水試所預備金進行館區大規模整修及飼養海洋生物等工作。農委會水試所長陳君如表示，今年夏天旅遊旺季，澎湖水族館確定來不及開館營運，未來還是朝向委外經營規畫，現階段已有多家國內大型遊樂場業者表態有意接手。，