《會計法》修正案鬧得沸沸揚揚，
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，雖然在馬英九總統決定覆議後回到原點，
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，但監察院內部對此有意見。監委馬秀如認為，
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，審計部有核定財務責任的權力，
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，若要修法除罪應於《審計法》裡修正較為合適，
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，否則是「侵害審計權」。監察院長王建煊裁示法規會研究後，
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，再提出相關對策。
民國九十六年時，
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，當時的在野黨（國民黨）想修《審計法》第七十八條之一，
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，替首長特別費除罪化，
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，但因審計法屬於監察院主管機關，因此改修主計總處主掌的《會計法》第九十九條之一。
據了解，監察院院會日前熱烈討論此問題。有監委認為，立法院直接修《會計法》讓民代、學者除罪化，侵害審計部職權，審計部卻沒在第一時間表示意見；也有監委認為，《會計法》修正案違反憲法平等原則，老百姓、小公務員若涉及報帳錯誤會被受處罰，何以民代、學者不用？
《會計法》經馬英九責成行政院提覆議後，等於是回到原點，不過監院還是擔心立法院後續仍然會修法。監委馬秀如提案，立法院近來修正通過的《會計法》第九十九條之一，似已涉及審計部核定財務責任的固有職權，監察院應有所回應。
馬秀如表示，審計部有核定財務責任的權力，所以公家機關人員報帳是否完整、有無盡財務責任，應由審計人員來認定；但會計法只是規定記帳的方式。如果只有修正會計法，是「不倫不類」，她認為「修審計法比修會計法更合適」，否則會有侵害審計權的疑慮。，