不少人抱怨十二年國教免試入學要看競賽、英檢成績，
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，對偏鄉、弱勢生不利。教育部表示，
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，絕不會讓學生因為沒參加競賽拿獎就在升學上吃虧；一些縣市雖採計英檢成績，
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，也會要求他們一定要讓弱勢生免費參加，
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，以確保弱勢生升學權益。
教育部中教司長張明文說，
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，十二年國教免試入學超額比序上，競爭激烈的基北區、中投區都不採計競賽成績，其他縣市即使有採計，也有相關權宜作法，不會對弱勢生不利。
他舉例，桃園區多元學習表現包括體適能、競賽、幹部、品德表現及均衡學習等，總分四十分，但學生只要拿到三十五分就算滿分；桃園區學生即使沒有拿到競賽那五分，也有機會「滿分」。
高雄區、嘉義區要採計英檢成績，引發抱怨。張明文表示，教育部會要求採計英檢成績的縣市，一定要讓弱勢生免費參加英檢，不能因為他們繳不起報名費，就失去公平競爭的機會。
過去有「國中薦送」模式，高中職會給招生區內的國中一定保送名額，但十二年國教上路後，許多招生區取消這制度，影響許多偏鄉弱勢生升學。張明文回應，教育部並未規定各縣市不能繼續推動「國中薦送」，好的政策，會鼓勵各縣市繼續維持。
全國教師工會總聯合會副理事長吳忠泰說，相較於基北區明星學校一直在免試入學招生比例、特色招生上拉扯，宜蘭、台東、花蓮等招生區採百分百免試入學，宜蘭區甚至有機制讓不適應的學生可轉學，更符合十二年國教精神。他不認為十二年國教對偏鄉、弱勢生不利。
全國家長團體聯盟理事長吳福濱說，競賽成績是要用錢堆出來的，一些招生區如在免試入學超額比序上採計競賽成績，不利家境差的學生。彰化區之前訂出競賽成績占超額比序滿分九十分裡的十二分，造成各項競賽報名人數激增，累垮學生及家長。後來在家長團體抗議下，競賽成績減少為六分，大家勉強接受。，