晚期馬水龍致力創作弦樂四重奏、八把大提琴等特殊室內樂編制組合，
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，讓他的音樂更顯獨特。馬水龍的作品類型豐富，
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，有舞台劇、管弦樂曲、管樂曲、室內樂到藝術歌曲，
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，同時編寫超過50首以上的民歌。其中鋼琴曲尤其豐富，
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，靈感來自愛妻鋼琴家許子珍，
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，馬水龍作曲都是許子珍先在琴鍵上試奏修改，
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，最後成曲。前文建會主委、馬水龍的老師申學庸就笑他們：「你們都不講話，要怎麼談戀愛？」申學庸難過地說，馬水龍做事認真，個性耿直，每件事情都循規蹈矩，「以傳統素材為創作元素，為台灣現代音樂發展開創新的境界。」知名作曲家賴德和是他的學弟，他們一起成立「向日葵樂會」，「馬水龍作品中東方與西方交會的美學，是我們這一代所吸收的養分，馬水龍從小在戲棚下長大，將這些傳統變成音樂的素材，讓音樂充滿台灣味。」前北藝大校長朱宗慶說，馬水龍創立國立藝術學院時，大膽啟用如他剛從維也納返國的「新人」，「若說台灣的打擊樂發展成熟，都要感謝馬老師。」為馬水龍錄製《梆笛協奏曲》的笛子演奏家陳中申說，馬水龍讓梆笛這樣短短小小的笛子發光發熱，「馬水龍當年創立北藝大時，要求每一位音樂系學生都要主修一樣傳統樂器，要讓傳統跟音樂創作不脫節。」這一點讓北藝大音樂系創立初期有非常大的辨識度與穩固的基礎。，