國內醫師質疑棉籽油渣餅流向。農委會清查近3年進口棉籽粕數量顯示，
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，從去年至今年8月底，
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，就進口9109公噸。農委會解釋，
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，這些進口棉籽粕9成進了畜禽飼料、1成作為菇類太空包介質，
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，昨已派員至3家進口廠商勾稽原料流向，
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，初步清查未外流。
俗稱的棉籽油渣餅就是棉籽粕，
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，也就是棉籽提煉出油後，
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，所剩下的油渣。農委會畜牧處副處長朱慶誠表示，
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，棉籽粕通常已榨不出油，多做為飼料添加物，因為裡頭含有蛋白質成分高，可替代黃豆粉、大豆粕合法使用。
不過數字會說話，根據農委會調出數據顯示，民國100年僅從中國大陸進口150公斤的棉籽粕，是科技公司作為實驗室發酵培養基用；但到101年，進口量一下子暴增至5500公噸。農委會解釋，因為近年原物料如飼料玉米、黃豆翻倍漲，棉籽粕便宜一半，飼料廠才會進口棉籽粕替代。
朱慶誠指出，廠商進口棉籽粕都要附檢驗報告，依照農委會規定，棉籽粕當中的游離棉酚含量，最高不得超過0.04％；但農委會也坦言，目前僅看業者附的檢驗報告，因為作為飼料用途，所以並無實際抽檢。
台大動物科學技術學系教授徐濟泰證實，「棉籽粕原則上含有棉酚」。國內毒物科醫師擔心棉酚殘留畜禽體內，人吃了以後，難保棉酚不會進入人體。不過徐濟泰指出，雖然棉籽粕含有棉酚，但含量非常低，且不會進入人體食物鏈，民眾不用過度恐慌。
徐濟泰指出，根據美國棉仔協會資料顯示，1公斤棉仔粕僅含6毫克游離棉酚，含量極低，且棉酚會和離胺酸結合，「過量對動物也是傷害」；除非不得已情況，飼主不會故意添加棉籽粕，因為用多會造成畜禽營養不良，甚至影響生殖、不孕兩敗俱傷。
農委會清查結果昨晚出爐，初步清查7734公噸棉籽粕，均由澳洲進口，且合法添加於家禽飼料中；另1374公噸棉仔殼，則做為菇類太空包介質，也無植物吸收棉酚疑慮。
農委會表示，由於目前已確定棉籽粕流向大致無外流，周一起農委會將會同地方政府、畜試所、動科所專家，就廠商所提供資料到場「驗證」，查證業者是否謊報，確保棉籽粕無外流到飼料以外的食品中。，