高等法院判決許榮洲無罪的理由，
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，狠狠打了鑑識人員一個耳光。合議庭認為，
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，鑑識單位竟以「全世界獨創」的方法，
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，用現場採證照片進行事後的推斷，
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，據此做為許涉案的理由，
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，無法讓人信服。
刑事局則認為後來的採證，
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，有足夠證據能力，是否採信，由司法機關認定。
三次指紋比對鑑定不一
高院判決書直指，刑事局從八十六年起，對謝姓女童案現場進行三次指紋比對；八十五年十一月十九日刑事局的鑑定結果，已確認案發現場採證的指紋與許榮洲無關，但九十九年重啟調查後，卻又稱是許的掌紋，前後不一致的鑑定，令人質疑。
除此之外，合議庭也認為，就算案發現場的窗戶木條採獲許榮洲的掌紋，由於許當時在同一營區服役，使用廁所留下指紋屬於事理之常，並不能憑此認定許榮洲是姦殺謝童的凶手。
照片做鑑識「全球獨創」
另外，合議庭對鑑識人員因沾血木條遺失，以照片替代判定血掌紋，也提出質疑；法官傳訊專業鑑定人林俊彥證稱，這種鑑識方式，「在國內外並未做過實驗」，因此合議庭也不採納這項證據。
對於高院合議庭的質疑，刑事局表示當年指掌紋卡因部分捺印不清，加上掌紋比對較困難，後來專人重採比對，並經調查局複驗，才確定潛伏的掌紋為許榮洲所留。
關鍵證物木條竟然搞丟
由於現場關鍵證物血掌紋木條不翼而飛，讓司法審理爭議不斷，甚至破案無望。為何應存在的證物會消失？就連記載的資料也沒有，相關單位應被追究刑責。
根據檢方起訴書，攸關謝姓女童命案最重要的血掌紋木條關鍵證物，當時由北市刑大鑑識組長謝松善指示自案發現場窗上拆除後，帶回辦公室處理。因下方木條存有目視可見的擦拭血痕，即先採獲潛伏掌紋，並指示將木條、照片送刑事局指紋室比對。
謝松善向檢方表示，本案鑑定完成後，承辦人員將所有證物，包含正本及附件還軍方單位。但本案重啟調查時，檢方向空軍司令部調取證物，卻未見該橫隔木條；經北市刑大、國防部、刑事局、憲兵司令部翻遍營區清查，都沒有找到。
檢方模擬報告難經考驗
離譜的是，移交證物清冊、電話記錄，經手的所有單位都對該木條沒有記錄。加上刑事局納莉風災淹水，橫隔木條上的掌紋原始比對的相關資料滅失，血掌紋無法再鑑定，讓命案鐵證不見了。
為了替「消失」的木條找出佐證，檢察官決定重建現場，委由法醫研究所模擬完成實驗報告，但是這一份模擬報告，卻在法庭上經不起考驗。，