兩岸議題一直是立法院的敏感神經，
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，前年兩岸簽署ＥＣＦＡ時，
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，前陸委會賴幸媛不僅頻走立院溝通，
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，還開祕密會議向朝野報告；這次簽署服務貿易協議，
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，立委卻完全被蒙在鼓裡，
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，看報紙才知道。藍委直言這名史上最年輕的陸委會主委王郁琦「可能還太嫩！」
兩岸議題動輒觸及朝野敏感神經，
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，向來都是立法院的棘手事情。前年兩岸洽簽ＥＣＦＡ期間，
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，民進黨團要求立法院成立「兩岸事務監督小組」，
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，陸委會應定期向國會說明談判進度，但國民黨團並不同意。最後在立法院長王金平協調下，決定採取折衷方式，由王金平定期邀賴幸媛與朝野黨鞭協商，報告談判狀況。但民進黨團不願背書，始終抵制這項會議。
王郁琦上任後將兩岸互設辦事處、兩岸簽署服務貿易協議，列為施政重點。王郁琦事前積極拜託立法院，希望能盡快審查兩岸互設辦事處的法源；曾經知會立法院長王金平、朝野黨鞭，近期將簽署服務貿易協議，但並未說明協議的內容。
洽簽兩岸服務貿易協議期間，立法院內政委員會顧慮談判內容屬機密，召開過一次祕密會議，但行政部門仍隱瞞開放內容。國民黨立委徐欣瑩表示，完全不知道要開放美容業、印刷業，事後還把報告收回；民進黨立委陳其邁則說，「答詢說的內容比洩漏給《聯合報》的還少，這樣還敢說有和國會溝通嗎？」
兩岸服務貿易簽署完成後，媒體批評王郁琦把各界蒙在鼓裡。據了解，王郁琦昨一大早致電給國民黨團幹部喊冤，陸委會有通知要簽署協議，開放產業項目是經濟部要去溝通；不過藍委私下認為，協議內容都沒有觸及，「算哪門子溝通！」
不少立委比較前後任陸委會主委的溝通模式。國民黨立委黃昭順說，過去簽訂ＥＣＦＡ時，賴幸媛有時甚至是半夜打電話來詢問意見。但這次談判過程，根本沒有找立委溝通，實在太離譜。國民黨立委吳育昇表示，相較於前年兩岸簽署ＥＣＦＡ時，這次經濟部與陸委會確實溝通很少。，