根據《中國通史》記載：「馬祖建叢林、百丈立清規。」唐朝馬祖禪師建立禪院解決當時僧侶居無定所的問題；百丈懷海禪師則為禪宗立下一套規矩制度，
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，供後人遵循。他們兩位對禪宗發展的貢獻，
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，甚至不下於禪宗的代表人物─六祖慧能。
禪宗屬於中國本土發展宗派，
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，從南北朝的始祖菩提達摩發展自唐朝，
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，其聲勢日益壯大，
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，有鑑於此，
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，唐武宗進行滅佛運動，削減佛教在各地的勢力，剝奪寺廟土地財產權，僧侶經濟來源頓失依靠。另外，當時僧侶沿門托缽不事勞作，禪宗強調明心見性自我修行，但終究須面臨禪宗的信念邁向歧異的隱憂。因此，馬祖禪師在各地推動興起寺廟，解決禪宗當時所面臨的問題。
1200年柏樹保存史蹟
唐貞元元年（785年），馬祖曾多次前往今日位於江西省靖安縣的寶峰寺（亦稱馬祖道場）弘法，圓寂後舍利子便藏與此寺。雖然文化大革命時期，建築遭遇破壞，靖安縣旅遊局局長孫紅星表示，文革時期曾有紅衛兵爬上舍利塔的護亭卻失足摔死的事件，舍利塔才能從唐朝保存至今。1993年大陸當局根據舍利塔的位置以及整排1200多年歷史的柏樹，確立寺廟的南北中軸線，重建山門殿、大雄寶殿。
馬祖禪師興建寺廟後，如何規範僧侶的日常生活、勞動耕作的成果如何分配？六祖慧能的另一位弟子百丈懷海在位於今日江西省奉新縣的百丈寺，頒布《百丈清規》，確立禪宗寺廟的管理條約，百丈寺成為中國禪宗天下清規的發源地。其中，《百丈清規》規定僧侶須勤儉參加勞動，「一日不作，一日不食」為基本原則，奠定禪門的經濟基礎，推動禪宗的發展。
退至百丈啟發唐宣宗
其實，在當時通訊設備不甚發達的時代，百丈寺的號召力令人好奇。傳說唐宣宗李枕登基之前，遭到當時身為唐武宗的侄子猜忌，決定請求高人指點，這位高人僅留下「退至百丈」四個字便離開，於是李枕瀏覽中國地圖，發現位於奉新縣有座百丈山，便驅馬前往山中隱身學道22年。不過，當地解說員解釋，「退至百丈」的意思也可能是與唐武宗保持距離，而非前往百丈山。
後來，李枕回到朝廷登基並頒發匾額「大智聖壽禪寺」贈與百丈寺，確立百丈寺在禪宗的地位，結合農作與禪修的思想也因而在各地發揚光大。解說員表示，當時百丈寺名氣之大，文人墨客柳公權也來此朝覲參禪，「巨石刻有『天下清規』便是柳公權留下的題詠。」
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