針對菲律賓指稱「廣大興28號」漁船在菲領海作業並關閉航行記錄器，
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，農委會漁業署21日痛斥菲國說法「扭曲事實」，
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，並公布事發當天漁船的定位航跡圖，
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，顯示自5月4日從小琉球出港後，
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，該船並未越過菲律賓領海，
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，也沒有越界捕魚。
菲律賓宣稱握有「廣大興28號」侵入菲國領海證明，且該船曾關掉航行記錄器，因船隻撞到浮標發出訊號，菲國海巡船才前往查看，但「廣大興28號」未受檢就逃逸，才造成菲國海巡船開槍射殺。對菲方說法，漁業署長沙志一說，菲國在扭曲事實。
GPS 3分鐘定位1次
據了解，「廣大興28號」裝設的航程記錄器是運用GPS天線接收衛星訊號來定位，每隔3分鐘會定位1次，可推算漁船航速及航向，因此能完整顯示該船作業海域的經緯度、航速及航向，並據此推測發生槍擊的時間及位置。這些記錄目前作為法務部的物證，經協調，漁業署21日主動對外公布。
航跡圖 位置無法作假
從公布資料顯示，「廣大興28號」5月4日凌晨3時42分自小琉球出發後，先航行前往台東縣新港漁港外，接著於5月5日下午4時左右往南南東方向航行。
途中雖然曾經過菲國北方小島附近，再繼續向南，但沙志一表示，領海是領土往外延伸12浬，根據航跡圖，「廣大興28號」的航跡位置均在我國專屬經濟海域，沒有入侵菲國領海。
航跡中也可推測，5月9日10時12分，漁船速度突然增加，推測應該是遭到追逐。5月9日下午2時30分，從零逐漸加速至5節以上，推測船隻正由「添發財38號」及「軍明興21號」漁船先後拖救返台，至5月11日凌晨3時許返抵屏東縣小琉球。
對菲國質疑航行記錄器曾被關掉，沙志一說，航跡圖不可能造假，也請菲國應公布手上握有聲稱我方入侵領海的錄影帶。
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