衛生署副署長賴進祥被檢舉擔任主祕時，
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，涉嫌護航妻子陳淑廷任職的北市聯合醫院忠孝院區，
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，親自列席該院區申請健保給付有關會議、且更改會議紀錄，
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，疑涉偽造文書案，
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，調查局台北市調查處六日到衛生署調卷，
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，並以證人約談一名承辦人員。檢方訊後請回證人。
對此，
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，賴進祥昨正常上班，但低調不願回應，僅表示「一切交給監察院調查處理！」衛生署政風室表示，調查後認為有行政瑕疵，全案已送監察院處理。
檢舉指稱，九十七年二月衛生署召開「研商新制醫院評鑑之健保給付原則」會議，針對忠孝院區等六家醫院，討論核定給付，賴進祥明知妻子陳淑廷當時擔任忠孝院區醫務長，仍親自列席會議。
原本會議決議給予五家評鑑「優等」的醫院「區域醫院給付」，表現較差、唯一評鑑僅為「合格」的忠孝院區，則予健保給付額度較低的「地區教學醫院給付」。
但會議紀錄呈報賴進祥後，賴卻涉用筆刪改多處內容，另加註意見，請健保局暫緩原處分之執行，並指示部屬重打公文。
健保局雖同意忠孝院區自同年五月起暫比照「區域醫院給付」，但仍駁回申復案，忠孝院區轉向衛生署提起訴願，事後賴進祥擔任主委的訴願委員會，做出的決定書均對忠孝院區有利，健保局才在九十九年補付忠孝九十七年一至四月的健保給付差額五百九十三萬元，期間陳淑廷也升任忠孝副院長。，